מבנה ארגוני
עפרה הוא יישוב קהילתי. הוא מתנהל כאגודה שיתופית להתיישבות קהילתית, ע"פ תקנון האגודה.
מזכירות היישוב
מזכירות היישוב היא הוועד המנהל של היישוב, אליו כפופים עובדי היישוב, ובכללם מזכיר היישוב. חבריו נבחרים מקרב כלל חברי האגודה השיתופית, ואחת לשנה מתחלפים מחצית מהם. במזכירות 7 חברים הבוחרים אחד מתוכם ליו"ר, והיא מתכנסת אחת לשבוע.
מועצת חברים
מועצת החברים היא גוף נבחר בן 30 חברים מהיישוב, שמטרתו לקבל החלטות הנדרשות לידון בפורום רחב יותר מהמזכירות. גוף זה הוקם כתחליף לאסיפת החברים, כתוצאה מן הגידול במספר התושבים. דיוני המועצה פתוחים לקהל והודעה על המועד בו הם מתקיימים מתפרסמת לציבור בדף המידע ובאתר האינטרנט.
ועדות
בעפרה פועלות ועדות לעניינים מסוימים, לצד פעילות המזכירות ועובדי היישוב. ועדה הינה גוף יוזם וממליץ וחבריה פועלים בהתנדבות לקידום התחום עליו היא ממונה
אסיפת חברים
זהו הגוף העליון, בו יכולים להשתתף כל חברי האגודה השיתופית. הוא מתכנס אחת לשנה לאישור התקציב, וכן לדיון בעניינים מיוחדים.